新宿区でフリースクールを探している方へ。この記事では、新宿区内で公式サイトや東京都の公表資料から実在と内容を確認できたフリースクール6か所と、2026年9月に区内から隣の千代田区・市ヶ谷へ移転した1か所を、順位をつけずに紹介します。
あわせて、東京都の利用料助成（月額上限2万円）と、新宿区の公的な不登校支援もまとめました。
先にお伝えすると、新宿区は都内でも通える選択肢を見つけやすい地域です。高田馬場駅の周辺だけで複数の施設があり、市ヶ谷・四谷・飯田橋の駅前にも施設があります。山手線・東西線・大江戸線などの沿線から乗り換えなしで通える施設が多く、東京都の助成を使えば利用料の負担を最大月2万円まで軽くできます。
自己紹介が遅れました。小幡和輝と申します。僕は約10年間の不登校を経験しました。当時はフリースクールで学び、現在は不登校の専門家として本を書いたり、2000人以上の子どもたちとご家庭をサポートしてきました。
新宿区のフリースクールと補助金の状況
東京都の調査では、令和6年度の都内公立小中学校の不登校児童生徒数は31,335人（小学校13,296人・中学校18,039人）でした。どの学校にも、教室に通っていない子が当たり前にいる状況です。
東京都の助成金（月額上限2万円）
都内在住の小中学生がフリースクール等に通う場合、「東京都フリースクール等利用者支援事業」で利用料の助成を受けられます。
- 助成額 児童・生徒1人につき月額上限20,000円（入会金・教材費・施設維持費などは対象外）
- 対象 都内在住の不登校の小中学生の保護者。収入制限はありません
- 対象施設 都に登録された施設。対象施設の一覧が公開されていて、令和7年度の一覧には新宿区内の施設も10か所以上掲載されています
事業の詳細: 東京都の助成金（月額上限2万円）の公式ページ
対象施設一覧（令和7年度）: 東京都の助成金（月額上限2万円）の公式ページ
年度ごとに申請期間や要件が変わるため、最新情報は必ず公式ページでご確認ください。
新宿区独自の支援
新宿区には、都の助成に上乗せする区独自のフリースクール利用料補助は、公式サイトでは確認できませんでした（2026年9月時点）。そのかわり、区は公的な学びの場と相談窓口をしっかり用意しています。
- つくし教室 区の教育支援センター。大久保3-1-2の新宿区立教育センター内にあり、区立小中学校に在籍する登校が難しい子が、集団活動や個別学習を無料で利用できます（電話 03-3232-2712）
- チャレンジクラス 西新宿中学校に設置された、不登校の子のための校内分教室（NS学級）。学区を越えて在籍でき、ゆとりあるカリキュラムで学べます。体験入級もできます
- バーチャル・ラーニング・プラットフォーム つくし教室在籍生向けのオンライン学習支援です
- 相談窓口 教育センターの教育相談室（電話 03-3232-2711）と学校問題支援室（電話 03-5273-4125）で、不登校の相談ができます
新宿区のいじめ・不登校支援: 新宿区独自の支援の公式ページ
東京都の不登校ポータル（新宿区のページ）: 新宿区独自の支援の公式ページ
東京都全体のフリースクールと補助金はこちらの記事にまとめています。
>>東京都のフリースクールと補助金一覧。市区町村別に紹介します【2026年最新】
フリースクールでの学びが出席扱いになる仕組み
フリースクールでの学びは、一定の要件を満たせば在籍校の指導要録上の出席扱いになります。文部科学省が通知で示している全国共通の仕組みで、判断するのは在籍校の校長です。
出典: フリースクールでの学びが出席扱いになる仕組みの公式ページ
新宿区での出席扱いの進め方や、東京都の助成金と併用した実例は、こちらの記事で詳しく解説しています。手続きの流れはこの記事では繰り返さないので、あわせて読んでみてください。
>>【実例あり】新宿区で不登校の出席扱いが認められた方法。東京都の補助金月2万円も併用できます
まだ外に出るのが難しい、近くに通える場所がないという方へ
一覧の前に、ひとつだけ知っておいてほしい選択肢があります。
新宿区は施設にアクセスしやすい地域ですが、それでも「人の多いターミナル駅を通るのがつらい」「家から出るエネルギーがそもそもない」という時期の子はたくさんいます。それはご家庭の努力不足ではありません。
そういう時期の選択肢として、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」があります。ネットの先生（担任）が伴走してくれて、自宅から自分のペースで学べます。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちを支えてきました。一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになる仕組みも整っています。
学習AIがヒントを出しながら一緒に考えてくれて、学習以外に使えないフィルタリング設定もあります。
詳細はこちら: クラスジャパン小中学園
新宿区のフリースクール一覧
新宿区内の施設を紹介します。順位をつけたものではありません。
明光フリースクール 高田馬場校
明光フリースクール 高田馬場校
運営: 株式会社明光みらい
所在地: 新宿区高田馬場1-28-3 工新ビルディング4F
対象年齢: 不登校の小中学生
料金: 週1回20,000円から
明光義塾の個別指導の考え方がベースになった小中学生対象のフリースクールです。一人ひとりに寄り添った運営が特徴です。プログラミングやeスポーツといった新しい学び、体験ができる子どもたちの居場所です。
高田馬場駅から徒歩2分で、山手線・東西線・西武新宿線のどこからでも通いやすい立地です。開校からまもないため都の対象施設一覧にはまだ掲載されていませんが、学校の出席扱いや東京都の助成金の対象になった実績があります。
なお、この記事を掲載しているメディアは明光フリースクールが運営しています。自社の施設なので詳しく書けている部分がありますが、順位づけの意図はありません。校舎の詳細や見学の申し込みは校舎ページからどうぞ。
フリースクール新宿アレーズ
フリースクール新宿アレーズ
運営: 一般社団法人フリースクール新宿アレーズ（非営利型）
所在地: 新宿区市谷（市ヶ谷駅徒歩5分。詳細は要お問い合わせ）
対象年齢: 小学生〜高校生
料金: 要お問い合わせ
不登校の子の居場所づくりを軸にしたフリースクールで、平日10時〜17時（小学生は16時まで）に開所しています。中野区・渋谷区・杉並区など近隣からも通う子がいて、通信制高校と提携した高校コースもあります。東京都の利用者支援事業の対象施設一覧にも掲載されています。
クラーク国際中等部 東京キャンパス
クラーク国際中等部 東京キャンパス
運営: 要お問い合わせ
所在地: 新宿区高田馬場1-16-17 3F
対象年齢: 小学6年生〜中学3年生
料金: 入学金30,000円、月額22,700円〜48,000円（コースによる）
クラーク記念国際高等学校と教育連携した、高校進学の準備ができるフリースクールです。週1日から週5日まで通学ペースを選べて、通学とオンラインを組み合わせるコースもあります。高田馬場駅から徒歩5分で、都の対象施設一覧にも掲載されています。
学研WILL学園 高田馬場キャンパス
学研WILL学園 高田馬場キャンパス
運営: 株式会社学研エル・スタッフィング
所在地: 新宿区高田馬場1-14-9 Kビル
対象年齢: 小学生〜高校生（小等部・中等部・高等部）
料金: 要お問い合わせ
学研グループが運営するフリースクール・サポート校です。不登校の小中学生向けの初等部・中等部と、通信制高校サポートの高等部があり、学習だけでなく居場所としての機能も大切にしています。高田馬場駅戸山口から徒歩6分、西早稲田駅からも徒歩6分で、都の対象施設一覧にも掲載されています。
フリースクール まなサポジュニア（旧・飯田橋校。2026年9月に市ヶ谷へ移転）
フリースクール まなサポジュニア みらいベースTokyo校
運営: 株式会社Grow-S
所在地: 千代田区五番町1-11 五番町TMビル1F（2026年9月に新宿区揚場町の飯田橋校から移転）
対象年齢: 小学生・中学生
料金: 要お問い合わせ
発達障害教育に35年取り組んできた「さくらんぼ教室」の運営会社が2025年5月に開いたフリースクールです。
発達の特性や起立性調節障害で学校に行きづらい子も対象に明記されていて、学びを大切にした居場所として運営されています。
2026年9月からは市ヶ谷駅徒歩1分の「みらいベースTokyo校」（千代田区）に移転して活動しています。新宿区外になりましたが、市ヶ谷駅は新宿区に隣接していて区内からも通いやすい立地です。
いもいもデイクラス 四谷本校
いもいもデイクラス 四谷本校
運営: 要お問い合わせ
所在地: 新宿区四谷三栄町1-2 Xe 2階・3階
対象年齢: 小学生・中学生（金曜クラスは小学4年生〜）
料金: 授業料月額28,875円＋諸経費月額2,420円（税込・月3回）。入会登録料24,200円
思考力を育てる教材づくりで知られる「いもいも」の平日昼間の学び場です。月・火・金の10時30分〜14時30分に、パズルや表現・コミュニケーションのワークに取り組みます。入会登録料なしで月1回通える会員制度もあります。四ツ谷駅から徒歩4分で、都の対象施設一覧にも掲載されています。
フリースペースしんじゅく
フリースペースしんじゅく
運営: 要お問い合わせ
所在地: 新宿区西落合3丁目（詳細は要お問い合わせ）
対象年齢: 小学生・中学生を中心に若者まで
料金: 要お問い合わせ
区の西側・西落合にある少人数制のフリースペースです。公立中学校で相談員を務めた経験のあるスタッフが運営していて、会話やゲーム、学習、料理などを通して自分のペースで過ごせます。火曜・金曜の10時〜15時に開所していて、都の対象施設一覧にも掲載されています。
掲載していない施設について
新宿区内には、このほかにも学びの場や居場所があります。ただ、公式サイトで運営や所在地、対象が確認できなかった施設は、正確さを優先して掲載していません。アート系の教室など、目的が大きく異なる施設も外しています。
フリースクールは新設や移転で情報が変わりやすいので、通う前に必ず公式サイトと直接の問い合わせで最新情報を確認してください。公的な選択肢としては、先ほど紹介した区のつくし教室（無料）があり、教育センターの教育相談室に相談できます。
掲載のない地域にお住まいの場合も、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」なら地域を問わず自宅から利用できます。
ネットの先生（担任）が伴走し、一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになった実績も多数あります。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
クラスジャパン小中学園
まとめ。フリースクールは合うか合わないかで選ぶもの
フリースクールに優劣はありません。あるのは、その子に合うか合わないかだけです。新宿区は高田馬場・市ヶ谷・四谷・飯田橋と施設の場所が分かれているので、通いやすい沿線の2〜3か所を並行して見学して、子ども本人が「ここなら行ってもいい」と感じる場所を選んで大丈夫です。
今日できる一歩をひとつ挙げるなら、気になった施設の見学予約フォームを1件だけ送ってみてください。多くの施設は保護者だけの相談から受け付けているので、子どもを連れて行く段取りはまだ考えなくて大丈夫です。
お子さんを責める必要も、ご自身を責める必要もありません。今日からできる小さな一歩を、一緒に探しましょう。
よくある質問
新宿区にフリースクールはありますか？
あります。この記事では公式サイトや東京都の公表資料で実在を確認できた区内6か所（明光フリースクール高田馬場校、フリースクール新宿アレーズ、クラーク国際中等部東京キャンパス、学研WILL学園高田馬場キャンパス、いもいもデイクラス四谷本校、フリースペースしんじゅく）と、2026年9月に飯田橋から市ヶ谷（千代田区）へ移転したまなサポジュニアを紹介しています。高田馬場駅の周辺に特に集まっています。
新宿区でフリースクールの利用料の補助金はありますか？
東京都の「フリースクール等利用者支援事業」で、都内在住の不登校の小中学生1人につき月額上限2万円の助成を受けられます。収入制限はありません。
新宿区独自の上乗せ補助は2026年9月時点で確認できませんでしたが、区のつくし教室（教育支援センター）は無料で利用できます。最新情報は都と区の公式サイトでご確認ください。
フリースクールに通うと学校の出席扱いになりますか？
一定の要件を満たせば、在籍校の指導要録上の出席扱いになります。文部科学省の通知で認められている全国共通の仕組みで、在籍校の校長が判断します。まずは在籍校の担任か、新宿区の教育相談室に相談してみてください。
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