神戸市でフリースクールを探している方へ。この記事では、神戸市内のフリースクールを区ごとに紹介し、2026年度に新設された神戸市の利用料助成制度（補助金として通所型は最大で月2万円まで）をあわせて解説します。
順位づけやランキングではなく、公式サイトと神戸市の認定施設一覧で実在を確認できた施設だけをフラットに載せています。
自己紹介が遅れました。小幡和輝です。約10年間の不登校を経験し、当時の僕を支えてくれた場所がフリースクールでした。いまはそれを運営する側として、本を書いたり、2000人以上の子どもたちとご家庭に関わっています。
この記事でわかること
- 神戸市のフリースクール 東灘区から西区まで、区ごとに施設の運営・所在地・対象年齢・料金
- 神戸市の補助金 2026年度新設の利用料助成制度の要件と申請方法
- 認定施設のない区の選択肢 兵庫区・長田区・須磨区にお住まいの場合の考え方
神戸市のフリースクールと補助金の状況
文部科学省の令和6年度調査では、全国の小中学校の不登校児童生徒は353,970人と過去最多を更新しました。兵庫県も1,000人当たり38.8人と全国平均（38.6人）並みの水準で、神戸市でも通える場所を探すご家庭は年々増えています。
出典: 文部科学省「令和6年度 児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査」
[1]
そうした中で神戸市は、2026年度から「フリースクール等利用料助成制度」を新設しました。これが神戸市でフリースクールを探すうえでいちばん大きなニュースです。
神戸市フリースクール等利用料助成制度（2026年度新設）
- 助成額 利用料の半額が助成されます。補助金として、通所型は最大で月2万円まで、オンライン型は最大で月1万5千円まで支給されます
- 対象 神戸市立の小学校・中学校・義務教育学校・特別支援学校に在籍する不登校のお子さんの保護者
- 要件 年間30日以上欠席している不登校の児童生徒であること（病気や経済的理由による欠席を除く）、施設での活動が在籍校で出席認定されていること、市の認定施設を利用していること、他の助成を受けていないこと
- 申請 神戸市スマート申請システム「e-KOBE」から申請します（申請期間は利用月ごとに区切られているので、最新のスケジュールは公式ページで確認してください）
助成の対象になる「認定施設」は市が一覧を公表しています。2026年9月9日時点で市内23施設・市外と県外に12施設・オンライン型9施設が認定されており、この記事の一覧も認定施設一覧と各施設の公式サイトをもとに作成しました。
なお、兵庫県には保護者へ直接支給される県レベルの助成はありません（県は市町の補助事業を後押しする立場です）。県教育委員会が「施設マップ」でフリースクール等民間施設を市町ごとに公表しているので、市外の施設も含めて広く探したい方はこちらも役立ちます。
施設マップの公式ページ
兵庫県全体のフリースクールと各市の補助金は、こちらの記事にまとめています。
>>兵庫県のフリースクールと補助金一覧。市区町村別に紹介します【2026年最新】
フリースクールは出席扱いになる？
フリースクールでの学びは、在籍校の校長が認めれば指導要録上の出席扱いになります。文部科学省が通知で示している全国共通の仕組みです。[2]
神戸市の場合はここが特に重要で、先ほどの利用料助成は「出席認定されていること」が要件のひとつになっています。
つまり、施設選びの段階で在籍校と連携しておくことが、補助金を受け取るためにも必要です。
まずは在籍校の担任か教頭に「フリースクールの利用を考えている。出席認定の扱いを相談したい」と伝えるところから始めてください。
もし学校に前向きに取り合ってもらえなかったときの動き方は、こちらの記事で解説しています。
>>出席扱いを学校に断られたときはどうする？校長判断を動かす3つの材料
まだ外に出るのが難しい、近くに通える場所がないという方へ
一覧の前に、ひとつ知っておいてほしい選択肢があります。
神戸市は施設の数こそ多いものの、後で紹介するとおり区によって偏りがあり、家の近くに通える場所がないケースは珍しくありません。それはご家庭の努力不足ではなく、地域の事情です。そして、家から出るエネルギーがまだ戻っていない時期のお子さんもいます。
そういう場合の選択肢が、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」です。ネットの先生（担任）が一人ひとりに伴走し、自宅から自分のペースで学べます。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちを支えてきました。一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになる仕組みも整っています。
学習AIがヒントを出しながら一緒に考えてくれて、学習以外に使えないフィルタリング設定があるので、ゲームや動画が気になるご家庭でも安心です。
詳細はこちら: クラスジャパン小中学園
神戸市のフリースクール（区別）
区ごとに紹介します。順位をつけたものではありません。いずれも神戸市の認定施設一覧（2026年9月9日時点）に掲載されており、市の利用料助成の対象になりうる施設です。
東灘区
ラーンネット・グローバルスクール
運営: 要お問い合わせ
所在地: 神戸市東灘区岡本2-8-14
対象年齢: 小学1年生〜6年生（編入は小学4年生まで）
料金: 要お問い合わせ
1996年に神戸で創設された探究型のオルタナティブスクール。「ナビゲータ」と呼ばれる大人が対話を通じて伴走し、一人ひとりの興味や関心から学びを組み立てるスタイルです。
灘区
COCO TOWN
運営: 株式会社EM TOWN
所在地: 神戸市灘区六甲町4-2-21
対象年齢: 要お問い合わせ
料金: 要お問い合わせ
学校に行きづらい子どもたちの学びの場として神戸市の認定を受けている施設です。阪急六甲エリアにあり、灘区・東灘区から通いやすい立地です。
中央区
飛鳥未来中等部・初等部 神戸教室
運営: 学校法人三幸学園
所在地: 神戸市中央区御幸通3-2-22 2階
対象年齢: 小学4年生〜中学3年生
料金: 要お問い合わせ
週5日通うスタンダードコース、段階的に通う2DAYコース、オンラインのネットコース（中学生対象）から選べます。三宮駅から歩ける立地で、市外からも通いやすい教室です。
一般社団法人イドミィ
運営: 一般社団法人イドミィ
所在地: 神戸市中央区下山手通7-6-15 101
対象年齢: 小中高生
料金: 要お問い合わせ
「優しくあたたかい居場所で心を満たす」ことを掲げるフリースクール。通信制高校サポート校のイドミィ高等学院も運営しており、中学卒業後の進路までつながる相談ができます。
北区
森の学校つくも
運営: 要お問い合わせ
所在地: 神戸市北区淡河町神影941-20
対象年齢: 小学生〜高校生（未就学児は親子参加）
料金: 要お問い合わせ
自然の中でお互いに学び合うことを大切にするフリースクール。決まったカリキュラムではなく、子どもの関心に沿って過ごします。開校日は毎週月曜・水曜の9時30分〜15時です。
垂水区
フリースクールForLife
運営: 特定非営利活動法人ふぉーらいふ
所在地: 神戸市垂水区瑞穂通7-2
対象年齢: 小学校高学年〜中学3年生（小学校低学年〜4年生は併設の「フリースクールあかでみあ」）
料金: 月額50,000円（学費40,000円＋施設費10,000円）、入学金10,000円
1997年開校の、神戸で長く続くフリースクールのひとつ。週1回のミーティングで子どもたち自身が活動を決め、農業や調理、自然体験など対話と体験を重ねる運営が特徴です。
西区
オルタナティブスクールさとのわ
運営: 一般社団法人さとのわ
所在地: 神戸市西区押部谷町木幡357
対象年齢: 要お問い合わせ
料金: 要お問い合わせ
西区押部谷町の里山エリアを拠点に活動するオルタナティブスクールで、神戸市の認定施設です。見学や詳細はメール・電話での問い合わせが必要です。
兵庫区・長田区・須磨区にお住まいの方へ
神戸市の認定施設一覧（2026年9月9日時点）には、兵庫区・長田区・須磨区の施設が掲載されていません。
この3区にお住まいの場合も、市の助成は「お住まいの区」ではなく「利用する施設」で決まるので、隣の区の認定施設に通えば助成の対象になります。地下鉄・JR沿線なら中央区や垂水区の施設が現実的な選択肢です。
また、市の認定を受けていないフリースクールや居場所も市内には存在します。認定一覧は年度の途中でも更新されるので、通いたい施設が決まったら、認定状況とあわせて必ず公式サイトと直接の問い合わせで最新情報を確認してください。
公的な選択肢としては、各区の教育支援センター（適応指導教室）もあります。無料で利用でき、在籍校との連携もスムーズです。
窓口がわからない場合は神戸市教育委員会に相談してください。兵庫県内の相談先はこちらの記事にまとめています。
>>兵庫県の不登校相談窓口一覧。無料で頼れる公的・民間の相談先【2026年最新】
掲載のない地域にお住まいの場合も、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」なら地域を問わず自宅から利用できます。
ネットの先生（担任）が伴走し、一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになった実績も多数あります。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
クラスジャパン小中学園
まとめ 合う場所は「優劣」ではなく「相性」で決まる
神戸市には探究型、自然体験型、進路サポート型と性格の違うフリースクールがそろっています。どこが優れているかではなく、お子さんに合うかどうかで選んでください。見学してから決めていいですし、複数の施設を並行して検討してもかまいません。
今日できる一歩をひとつ挙げるなら、気になった施設の見学予約と、在籍校への「出席認定を相談したい」という連絡です。神戸市の助成は出席認定が要件なので、この2つを先に動かしておくと、補助金として最大で月2万円までの助成にスムーズにつながります。
完璧な正解を最初から選ぶ必要はありません。迷っている段階の相談こそ歓迎です。ひとりで抱え込む前に、話してみてください。
よくある質問
神戸市にフリースクールはいくつありますか？
神戸市の利用料助成の認定施設だけで、2026年9月9日時点で市内23施設・市外と県外に12施設・オンライン型9施設があります。東灘区・灘区・中央区に多く、兵庫区・長田区・須磨区には認定施設がまだありません。認定一覧は市の公式ページで公表されています。
神戸市でフリースクール利用料の補助金はありますか？
あります。2026年度新設の神戸市フリースクール等利用料助成制度で、利用料の半額が助成されます。補助金として通所型は最大で月2万円まで、オンライン型は最大で月1万5千円まで支給されます。市立学校に在籍し、出席認定を受け、市の認定施設を利用していることが要件で、e-KOBEから申請します。
フリースクールに通うと学校の出席扱いになりますか？
在籍校の校長が認めれば指導要録上の出席扱いになります。文部科学省の通知で示された全国共通の仕組みです。神戸市の利用料助成は出席認定されていることが要件なので、施設を決める段階から在籍校に相談しておくことをおすすめします。
出典
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