目黒区でフリースクールを探している方へ。この記事では、東京都が公開している助成対象施設の一覧と各施設の公式サイトを突き合わせて、運営・所在地・対象年齢・料金まで確認できた目黒区 フリースクールを、緑が丘・中目黒・碑文谷の区内4か所と、大岡山・西小山・目黒駅前の隣接区3か所に分けて紹介します。
順位づけやランキングではなく、同じ4項目をそろえた一覧です。あわせて、都の補助金として最大で月2万円まで支給される利用料助成、目黒区独自の上乗せがあるのかどうか、区が運営する「めぐろエミール」と各中学校の校内別室についても、公式情報だけを根拠にまとめました。
自己紹介が遅れました。小幡和輝と申します。僕は不登校の元当事者です。約10年間学校に行かず、フリースクールで学びました。現在は不登校の専門家として、本の執筆や講演をしながら、2000人以上の子どもたちとご家庭をサポートしています。
目黒区のフリースクールと支援の状況
東京都の調査では、都内の公立小中学校の不登校の児童生徒は2024年度（令和6年度）に31,335人（小学生13,296人・中学生18,039人）でした。前年度と比べると小学生は21人増え、中学生は412人減っていますが、3万人を超える水準が続いています。[1]
目黒区でも、区の学習支援教室「めぐろエミール」に2025年度（令和7年度）に通った子どもは76人、区立の全中学校7校と小学校2校に置かれた校内別室の利用者は108人と、目黒区教育委員会の点検・評価報告書に記録されています。[6]
学校の教室以外の居場所を必要としている子どもが、区内にも確実にいるということです。
一方で、目黒区は隣の世田谷区や渋谷区と比べると、区内に小中学生向けのフリースクールが少ない地域です。
東京都のフリースクール等利用者支援事業の2025年度（令和7年度）対象施設一覧（2026年3月末時点）に載っている目黒区の施設は1件だけで、世田谷区の15件、渋谷区の17件とは大きな差があります。[4]
ただ、2025年6月に緑が丘、2026年1月に中目黒と、新しいフリースクールが続けて開校していて、状況は少しずつ変わっています。
この記事では、その一覧と各施設の公式サイトを照らし合わせ、運営・所在地・対象年齢・料金を確認できた施設だけを載せています。
区内の選択肢が限られるぶん、東急目黒線・東横線・大井町線で隣の区に出ればすぐ通える施設も、所在地を明記したうえで補っています。
補助金は都の月2万円まで。目黒区独自の上乗せは2026年9月時点でなし
先に結論を書くと、目黒区在住の家庭が使えるフリースクールの利用料の補助金は、東京都の「フリースクール等利用者支援事業」の1本です。
- 東京都フリースクール等利用者支援事業 都内在住で、フリースクール等に通う不登校の小中学生の保護者が対象です。利用料に対して、補助金として最大で月2万円まで支給されます。所得制限はありません。2026年度（令和8年度）の申請は2026年5月27日から2027年2月12日までで、支給は四半期ごとです。[2]
- 目黒区独自の利用料助成 港区・品川区・足立区・板橋区のように区が独自に上乗せする制度は、2026年9月時点で目黒区の公式サイトと都の不登校支援ポータルの目黒区ページに見当たりません。都の助成のみと考えておいてください。[3]
申請の様式・受付期間・必要書類は年度ごとに変わります。制度の詳しい条件と申請先は、記事末の出典に挙げた東京都のページで確認できます。
都の補助金を実際にどう申請するか、目黒区の家庭が出席扱いと補助金をどう組み合わせたかの実例は、こちらの記事で手続きの順番つきで解説しています。この記事では施設の一覧に絞ります。
>>【実例あり】目黒区で不登校の出席扱いが認められた方法。東京都の補助金月2万円も併用できます
区が運営する「めぐろエミール」と、全中学校の校内別室
民間のフリースクールとは別に、目黒区には区が運営する場所があります。2026年度（令和8年度）から利用できる範囲が広がったので、以前に「うちは対象外」と聞いた方も確認してみてください。
- めぐろエミール（学習支援教室） 区内在住で長期欠席の状態にある小中学生が対象で、本人と保護者が希望し、在籍校の校長が必要と認めると通えます。2026年度からは、区立学校以外に在籍している区内在住の子どもも利用できるようになりました。2026年4月に中目黒スクエア（中目黒2-10-13）へ移転し、月〜金曜の9時30分〜15時（水曜は正午まで）に開いています。個別指導が基本で、ソーシャルスキルトレーニングや調理、校外学習などの活動もあります。東根住区センター児童館（東が丘1-7-14）での室外支援と、こもれび目黒本町（目黒本町5-33-1）内の月光分室もあります。電話は03-3715-1598です。[5]
- 校内別室 区立の全中学校7校と小学校2校に、教室で授業を受けるのが難しい子が過ごせる別室があり、校内別室指導支援員がついています。2025年度の利用者は108人で、利用日数が年間100日を超える生徒もいれば、科目によっては教室で受ける生徒もいて、家庭と教室をつなぐ役割を果たしていると区は評価しています。[6]
- メンタルフレンド派遣 家から出るのが難しい子どもの家庭に、話し相手や遊び相手になるメンタルフレンドを派遣する事業です。申し込みはめぐろエミール（03-3715-1598）です。[3]
相談の入口は、めぐろ学校サポートセンターの教育相談です。目黒区在住・在学の18歳までの子どもと保護者が対象で、来室相談は月〜土曜の9時〜17時（予約03-3712-4601）、電話相談は月〜金曜の9時〜17時（03-3710-6770）です。[8]
教育支援センターとフリースクールの違い、通い方と出席扱いの関係は、こちらの記事で解説しています。
>>教育支援センター(適応指導教室)とは？通い方・費用・出席扱いをわかりやすく解説
フリースクールでの学びは出席扱いになりうる
フリースクールでの活動は、在籍校の校長が認めれば指導要録上の出席扱いになる場合があります。根拠は文部科学省の通知で、学校とフリースクールが連携していること、学習の状況が学校に伝わることなどが判断の材料になります。[7]
東京都の助成対象施設は、通所状況を在籍校に毎月報告できることが要件のひとつになっているので、都の一覧に載っている施設は学校との連携の下地がある、と考えることができます。ただし判断するのはあくまで在籍校の校長で、個々のケースごとに決まります。見学のときに、在籍校への報告をどんな形でしてもらえるかを聞いてみてください。
出席扱いの要件の中身は、こちらの記事にまとめています。目黒区での実例と手続きの流れは、先ほど紹介した目黒区の出席扱いの記事をご覧ください。
>>「不登校でも出席扱いに？」文部科学省の通知で出席扱いになる3つの要件を徹底解説
まだ外に出るのが難しい、近くに通える場所がないという方へ
目黒区は区内の施設が少ない地域なので、「通える範囲に合う場所がない」という状況は実際に起こります。それはご家庭の努力不足ではありません。
また、学校に行きづらくなった直後は、家から出るエネルギーそのものがまだ戻っていない時期があります。電車で隣の区まで通うこと自体が、いまは負担というお子さんもいます。この段階で通う場所を無理に決める必要はありません。
そういうときの選択肢として、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」があります。ネットの先生（担任）が一人ひとりに伴走し、自宅から自分のペースで学べます。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちを支えてきました。一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになる仕組みも整っています。
学習AIがヒントを出しながら一緒に考えてくれて、学習以外に使えないフィルタリング設定があるので、ゲームや動画が心配なご家庭でも使いやすいです。
目黒区のフリースクール一覧（エリア別）
目黒区内で公式サイトから運営・所在地・対象年齢・料金を確認できた施設を4か所、隣接区にあって目黒区から通いやすい施設を3か所紹介します。順位をつけたものではありません。
料金は執筆時点の公式サイトの記載で、税込・税別の表記がそろっていないものがあります。公式に確認できなかった項目は「要お問い合わせ」としています。通う前には必ず各施設に直接ご確認ください。
緑が丘: パーソナルスクール sunow（スノー）
パーソナルスクール sunow（スノー）
運営: 一般社団法人be Place
所在地: 目黒区緑が丘3-9-5
対象年齢: 小学5年生〜高校生
料金: 入会金30,000円、月額68,000円（いずれも税込）
東急大井町線緑が丘駅から徒歩5分、大岡山駅・奥沢駅から徒歩10分。2025年6月に開校した、心理士が運営するフリースクールです。
同じ時間帯に活動するのは10人以下の少人数制で、「学習の時間」「探求の時間」「クラブ活動」を組み合わせ、心理士が一人ひとりに合わせた支援をします。家族へのケアも専門家が担当するのが特徴です。
開室は火・水・木曜の11時〜16時で、入学前のインテーク面談は無料です。東京都の助成対象施設一覧（2026年3月末時点）に載っている、目黒区で唯一の施設です。
中目黒: Rainbow Bilingual House 小学生フリースクール
Rainbow Bilingual House 小学生フリースクール
運営: Rainbow Bilingual House合同会社
所在地: 目黒区中目黒3-6-2 FSビル2階
対象年齢: 小学1年生〜6年生
料金: 入会金16,500円。月額の授業料は要お問い合わせ（教材費・維持管理費3,000円／月、希望者の英語レッスンは1時間4,000円が別途）
中目黒の英語スクールが2026年1月に開いた、小学生だけを対象にしたフリースクールです。指導員1人あたり生徒4人までの超少人数制で、月・火・木曜の10時〜14時に開いています（将来的には月〜木曜の週4日にする予定と公式に案内されています）。
学校に行かない子どもが安心して過ごせる「第二の家」を目指し、学習の内容や進め方は一人ひとりに合わせます。希望すればフリースクールの時間内や放課後に、ネイティブ講師の英語レッスンを追加できます。月額は開講日数にかかわらず年間を通じて定額で、8月は無料です。
中目黒（青葉台）: エポック総合教育研究所 不登校コース
エポック総合教育研究所 不登校コース
運営: 株式会社インターファースト
所在地: 目黒区青葉台1-29-6 ライオンズマンション中目黒210
対象年齢: 小学1年生〜高校3年生（既卒生も可）
料金: 入会金20,000円。月額は週1回20,000円・週2回40,000円・週3回60,000円（小1〜高1、月4回の場合。高2・高3は別料金）。事務費2,000円／月、光熱費2,000円／年が別途。いずれも税抜
中目黒駅から徒歩4分。1990年設立の学習塾が開いている不登校の子ども向けのコースで、月〜土曜の13時40分〜22時30分に開講しています。
個別のカリキュラム、担任制、振替授業、科目の自由選択、講師の交代ができるという学習塾ならではの柔軟さがあり、「過去ではなく未来にフォーカスする」という方針を掲げています。
心理相談やキャリア支援も事業として持っている会社なので、学習の遅れの取り戻しと進路の相談を一か所で進めたい家庭に向いています。フリースクール型の居場所というより、平日昼間から通える個別指導の学びの場という位置づけです。
碑文谷: フリースペース・フリースクールKanoa
フリースペース・フリースクールKanoa
運営: Kalama（子育て支援グループ。法人格は要お問い合わせ）
所在地: 目黒区碑文谷3-15-5 大岡山東住区センター
対象年齢: 0歳〜18歳の子どもと保護者
料金: 無料（昼食も含む）
東急バス碑文谷三丁目バス停から徒歩2分、東横線都立大学駅から徒歩15分。区の住区センターを会場に毎週金曜の10時〜17時に開かれている居場所で、「何をしてもいい、何もしなくてもいい、ひとりひとりが自由に過ごしながら、一緒に居るみんなの居場所」を掲げています。
参加者みんなで昼ご飯を作って一緒に食べるのが日課です。毎日通うフリースクールではなく週1回の無料の居場所なので、いきなり有料の施設に通う前の「外に出る練習」や、ほかの施設と組み合わせる使い方が向いています。
目黒区の子育て情報サイトに掲載されています。開催状況は変わることがあるので、事前に連絡先（090-8815-1092）で確認してください。
Kalama（フリースペース・フリースクールKanoa）の紹介ページ
目黒区から通いやすい隣接区の施設
目黒区は東急目黒線・東横線・大井町線で大田区・品川区・世田谷区とつながっていて、区境の駅にある施設は区内の施設より近いことがよくあります。所在区を明記したうえで3か所を補います。
大岡山（大田区）: 明光フリースクール 大岡山校
明光フリースクール 大岡山校
運営: 株式会社明光みらい
所在地: 大田区北千束1-51-6 サンルミナス2F
対象年齢: 不登校の小中学生
料金: 週1回20,000円から
明光義塾の個別指導の考え方がベースの、小中学生対象のフリースクール。一人ひとりに寄り添った運営が特徴です。プログラミングやeスポーツといった新しい学び、体験ができる子どもたちの居場所です。
東急目黒線・大井町線の大岡山駅から徒歩2分、緑が丘駅から徒歩10分で、駅の北側はすぐ目黒区です。
目黒線沿線（洗足・西小山・武蔵小山）や大井町線沿線（緑が丘・自由が丘・都立大学）に住んでいる家庭にとっては、区内の施設より近いことも多い立地です。コースは週1回・週3回・週5回から選べます。
明光フリースクールは開校からまもないため都の助成対象施設一覧にはまだ掲載されていませんが、東京都の助成金の対象になった実績があります。なお、この記事を掲載しているメディアは明光フリースクールが運営しています。
自社の施設なので詳しく書けている部分がありますが、順位づけの意図はありません。校舎の詳細や見学の申し込みは校舎ページをご覧ください。
西小山（品川区）: 西小山のちいさなフリースクール asatte（旧ビリーバーズ西小山）
西小山のちいさなフリースクール asatte（旧ビリーバーズ西小山）
運営: 一般社団法人ビリーバーズ
所在地: 品川区小山6-13-2 2F
対象年齢: 小学生・中学生（6歳〜15歳）
料金: 入会金なし。単発4,000円、5回分18,500円、10回分35,000円、通い放題月50,000円（いずれも税込、2026年4月改定）
東急目黒線西小山駅から徒歩2分。駅の南側は目黒区原町・洗足で、目黒区南部の家庭には区内の施設より近い場所です。2025年6月に開室し、2026年8月24日に「西小山のちいさなフリースクール asatte」に名称を変えました。
平日の10時〜14時に開いていて、入会金がなく回数券で通えるので、週1回から様子を見て増やしていく使い方ができます。公式サイトには、多くの利用日が学校の出席扱いになっていること、東京都の助成金を使えることが書かれています。広尾と板橋に姉妹校があります。
目黒駅前（品川区）: ワイズアカデミー 目黒キャンパス
ワイズアカデミー 目黒キャンパス
運営: 株式会社ワイズアカデミー
所在地: 品川区上大崎2-11-2 第9吉田ビル3階
対象年齢: 小学6年生〜中学生
料金: 入会金22,000円。年間330,000円（前期・後期各165,000円、または月27,500円の分割払い）
JR・東急目黒線・南北線・三田線の目黒駅から徒歩3分。駅名は「目黒」ですが所在地は品川区上大崎です。中学生のためのフリースクールで、登校時間も下校時間も自由、出席・欠席の連絡も不要という「完全に自由登校」の運営をしています。
学習は強制せず、英語・数学の教科書ワークの指導は希望者に行い、月ごとに行事があります。「日本一アットホームな教室」を掲げていて、中学卒業後は併設のサポート校を通じて通信制高校へ進む流れも用意されています。教材は中学校から支給された教科書ワークを使うので追加費用がかかりません。
掲載していない施設について
目黒区内で名前が挙がる施設のうち、この記事に載せなかったものもあります。学芸大学駅前の「toBe塾」は不登校の子も受け入れる個人指導の塾ですが、公式サイトの開講時間が夕方以降の時間帯で、平日昼間に通うフリースクールとしての情報が確認できませんでした。
上目黒の「LITALICOジュニア」は発達支援の教室で、フリースクールとは性格が異なります。このほか、区内にあると紹介されることのある施設で、公式サイトで運営・所在地・料金まで確認できなかったものは載せていません。
この記事は目黒区周辺の施設をすべて網羅したものではありません。新設や移転、料金の改定で情報が変わることがあるので、通う前には必ず公式サイトと直接の問い合わせで最新情報を確認してください。
隣の区には、自由が丘駅前や祖師谷などに複数の施設がある世田谷区、区独自の上乗せ助成がある品川区、大岡山校のほかにも施設がある大田区と、それぞれ区ごとの一覧記事があります。目黒区から通える範囲を広げたいときは、こちらから見てみてください。
>>世田谷区のフリースクールと補助金一覧。通える場所を地域で探せます【2026年最新】
>>品川区のフリースクールと補助金一覧。通える場所を地域で探せます【2026年最新】
目黒区を含む東京都全体の一覧はこちらの記事にまとめています。
>>東京都のフリースクールと補助金一覧。市区町村別に紹介します【2026年最新】
掲載のない地域にお住まいの場合も、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」なら地域を問わず自宅から利用できます。
ネットの先生（担任）が伴走し、一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになった実績も多数あります。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
まとめ。合うかどうかで選んでいい
フリースクールは、優劣ではなく「その子に合うかどうか」で選ぶものです。目黒区は区内の施設が少ない地域ですが、心理士が運営する少人数の教室、小学生だけの超少人数の教室、学習塾が開く個別指導の学びの場、無料で週1回集まる居場所と、それぞれ性格の違う4か所があります。
そこに区境の駅にある大岡山・西小山・目黒駅前の3か所を加えると、通う頻度も料金の幅もかなり広がります。
都の補助金として最大で月2万円まで支給される助成はありますが、区の上乗せはないので、区が運営するめぐろエミールと校内別室という公的な選択肢を知ったうえで、費用と相性で選ぶことが大事になります。
見学してから決めていいし、めぐろエミールと民間のフリースクールを並行して検討してもかまいません。
今日できる一歩として、この記事の一覧から、お子さんの最寄り駅から乗り換えなしで行ける施設を2つに絞ってみてください。目黒区は路線ごとに行きやすい施設が違うので、地図で見るより「同じ線か」で絞るほうが早いです。
それだけで見学の問い合わせ文が書けます。文面は「不登校の小5の親です。見学はできますか。在籍校への出席の報告はどんな形でしてもらえますか」の3文で十分です。
都の助成を使う予定なら、「東京都の利用者支援事業の対象施設ですか」と一言足すと、あとの申請で迷いません。
完璧な正解を最初から選ぶ必要はありません。迷っている段階の相談こそ歓迎です。ひとりで抱え込む前に、話してみてください。
よくある質問
目黒区にフリースクールはいくつありますか？
東京都のフリースクール等利用者支援事業の2025年度（令和7年度）対象施設一覧（2026年3月末時点）に載っている目黒区の施設は「パーソナルスクール sunow」の1件だけです。ただし一覧は保護者の申請に基づいて掲載されるものなので、載っていない施設もあります。
この記事では、公式サイトで運営・所在地・対象年齢・料金まで確認できた区内の4か所（緑が丘・中目黒2か所・碑文谷）と、大岡山・西小山・目黒駅前にある隣接区の3か所を紹介しています。
このほかに区が運営する「めぐろエミール」（中目黒スクエア内）と、区立全中学校の校内別室があります。
目黒区でフリースクールの利用料の補助金はありますか？
あります。東京都のフリースクール等利用者支援事業で、都内在住の不登校の小中学生の保護者に、利用料に対して補助金として最大で月2万円まで支給されます。
所得制限はなく、2026年度の申請は2026年5月27日から2027年2月12日までです。港区や品川区のような区独自の上乗せ助成は、2026年9月時点で目黒区にはありません。制度は年度で変わるので、最新の情報は東京都の公式ページで確認してください。
めぐろエミールは区立学校に通っていなくても使えますか？
2026年度（令和8年度）から、区立学校以外に在籍している目黒区在住の子どもも利用できるようになりました。対象は区内在住で長期欠席の状態にある小中学生で、本人と保護者が希望し、在籍校の校長が必要と認めることが条件です。
2026年4月に中目黒スクエア（中目黒2-10-13）に移転していて、月〜金曜の9時30分〜15時（水曜は正午まで）に開いています。費用は公式ページに記載がありません。
申し込みはめぐろエミール（03-3715-1598）への電話相談から始まります。
出典
- 東京都「令和6年度都内公立学校児童生徒の問題行動・不登校等の実態」（2025年10月30日） ページ 本文へ戻る
- 東京都生活文化局「東京都フリースクール等利用者支援事業」 ページ 本文へ戻る
- 東京都「TOKYO多様な学びの場・居場所ナビ 目黒区」 ページ 本文へ戻る
- 東京都「令和7年度 東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）児童生徒通所施設一覧」（令和8年3月末時点） PDF 本文へ戻る
- 目黒区「学習支援教室『めぐろエミール』」 ページ 本文へ戻る
- 目黒区教育委員会「令和8年度目黒区教育委員会の権限に属する事務の管理及び執行の状況の点検及び評価（令和7年度分）報告書」（2026年8月） PDF 本文へ戻る
- 文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」 ページ 本文へ戻る
- 目黒区「教育相談（来室・電話相談）」 ページ 本文へ戻る
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