文京区でフリースクールを探している方へ。この記事では、東京都が公開している助成対象施設の一覧と各施設の公式サイトを突き合わせて、運営・所在地・対象年齢・料金まで確認できた文京区 フリースクールを、千石・白山・湯島・本駒込の区内5か所と、高田馬場・王子・水道橋の隣接区3か所に分けて紹介します。
順位づけやランキングではなく、同じ4項目をそろえた一覧です。あわせて、都の補助金として最大で月2万円まで支給される利用料助成、文京区独自の上乗せがあるのかどうか、区が運営する「ふれあい教室」と校内別室についても、公式情報だけを根拠にまとめました。
自己紹介が遅れました。小幡和輝です。学校に行かなかった期間が、僕にはおよそ10年あります。その間はフリースクールで学びました。いまは不登校の専門家として本を書いたり、対面やオンラインのフリースクールを運営しながら、2000人以上の子どもたちに関わっています。
文京区のフリースクールと支援の状況
東京都の調査では、都内の公立小中学校の不登校の児童生徒は2024年度（令和6年度）に31,335人（小学生13,296人・中学生18,039人）でした。前年度と比べると小学生は21人増え、中学生は412人減っていますが、3万人を超える水準が続いています。[1]
文京区の区立小中学校では、同じ2024年度の不登校の児童生徒は小学生215人・中学生230人の計445人で、前年度より小学生が31人、中学生が28人増えました。中学生の出現率は9.39%と、全国の6.79%を大きく上回っています。
同じ年度に東京都のフリースクール利用料助成を文京区から申請した件数は66件、通っている先の施設数は33施設でした。[5]
文京区教育センターがこの数字を毎年報告書にまとめて公開していること自体、区の中に学校の教室以外の居場所を必要としている子どもが確実にいる、ということの表れです。
文京区は隣の千代田区や新宿区に比べると区内のフリースクールの数は多くありませんが、東京都のフリースクール等利用者支援事業の2025年度（令和7年度）対象施設一覧（2026年3月末時点）には文京区の施設が5件載っています。[4]
千石駅前と巣鴨駅前、白山、湯島、本駒込と、区の北半分と南端に分かれていて、三田線・南北線・丸ノ内線のどの沿線に住んでいるかで行きやすい施設が変わります。
この記事では、その一覧と各施設の公式サイトを照らし合わせ、運営・所在地・対象年齢・料金を確認できた施設だけを載せています。
区の南北にまたがる細長い形なので、区境の駅にある隣接区の施設も、所在地を明記したうえで補っています。
>>小学生の不登校は約43人に1人｜低学年・高学年で違う原因と、親ができる7つの対応【2026年最新】
補助金は都の月2万円まで。文京区独自の上乗せは2026年9月時点でなし
先に結論を書くと、文京区在住の家庭が使えるフリースクールの利用料の補助金は、東京都の「フリースクール等利用者支援事業」の1本です。
- 東京都フリースクール等利用者支援事業 都内在住で、フリースクール等に通う不登校の小中学生の保護者が対象です。利用料に対して、補助金として最大で月2万円まで支給されます。入会金や施設維持費は対象外です。2026年度（令和8年度）の申請は2026年5月27日から2027年2月12日までで、利用実績を都に報告したあとに支給されます。[2]
- 文京区独自の利用料助成 港区・品川区・足立区・板橋区・北区のように区が独自に上乗せする制度は、2026年9月時点で文京区の公式サイトと都の不登校支援ポータルの文京区ページに見当たりません。都の助成のみと考えておいてください。[3]
申請の様式・受付期間・必要書類は年度ごとに変わります。制度の詳しい条件と申請先は、記事末の出典に挙げた東京都のページで確認できます。
都の補助金を実際にどう申請するか、文京区の家庭が出席扱いと補助金をどう組み合わせたかの実例は、こちらの記事で手続きの順番つきで解説しています。この記事では施設の一覧に絞ります。
>>【実例あり】文京区で不登校の出席扱いが認められた方法。東京都の補助金月2万円も併用できます
区が運営する「ふれあい教室」と、25校の校内別室
民間のフリースクールとは別に、文京区には区が運営する場所があります。無料か有料かを含めて費用の記載は公式ページにないので、見学のときに確認してください。
- ふれあい教室（教育支援センター） 文京区立の小中学校に在籍しているか区内に在住していて、原則として長期に欠席している小学3年生から中学3年生が対象です。場所は湯島4-7-10の文京区教育センター内で、月〜金曜の8時45分から16時まで開いています。午前は自主学習が中心で指導員が個別に支援し、午後は卓球やバスケットボールなどの運動、調理や工作のグループワーク、校外学習もあります。専門指導員6人と心理カウンセラー3人などが交代で教室にいて、カウンセラーとの個人面談を1〜2週間に1回受けられるのが特徴です。ふれあい教室への出席は在籍校の出席と同じ扱いにすることができます。見学と相談の申し込みは在籍校か、ふれあい教室（03-3816-5347）に直接連絡します。[6]
- 校内別室対応指導員 学級に入りづらい子が校内の別室で過ごせるように指導員を置く事業で、2024年度は小中学校14校のモデル校で小学生118人・中学生52人が利用しました。2026年4月からは小学校15校と中学校10校の計25校に広がっています。[7]
- オンラインの居場所「room-K」 区がNPO法人カタリバと連携して提供しているオンラインの学びの場で、2024年度の登録は19人でした。家から出るのがまだ難しい時期の選択肢として、区立学校に在籍していれば学校を通じて相談できます。[5]
相談の入口は、文京区教育センターの総合相談室です。来所相談は03-5800-2594、電話相談は03-5800-2595で受け付けています。[3] 教育支援センターとフリースクールの違い、通い方と出席扱いの関係は、こちらの記事で解説しています。
>>教育支援センター(適応指導教室)とは？通い方・費用・出席扱いをわかりやすく解説
フリースクールでの学びは出席扱いになりうる
フリースクールでの活動は、在籍校の校長が認めれば指導要録上の出席扱いになる場合があります。根拠は文部科学省の通知で、学校とフリースクールが連携していること、学習の状況が学校に伝わることなどが判断の材料になります。[8]
東京都の助成対象施設は、通所状況を在籍校に毎月報告できることが要件のひとつになっているので、都の一覧に載っている施設は学校との連携の下地がある、と考えることができます。ただし判断するのはあくまで在籍校の校長で、個々のケースごとに決まります。見学のときに、在籍校への報告をどんな形でしてもらえるかを聞いてみてください。
出席扱いの要件の中身は、こちらの記事にまとめています。文京区での実例と手続きの流れは、先ほど紹介した文京区の出席扱いの記事をご覧ください。
>>「不登校でも出席扱いに？」文部科学省の通知で出席扱いになる3つの要件を徹底解説
まだ外に出るのが難しい、近くに通える場所がないという方へ
文京区は施設が区の北側と南端に分かれているので、小石川や大塚、目白台のあたりに住んでいると「近いところがない」という状況は実際に起こります。それはご家庭の努力不足ではありません。
また、学校に行きづらくなった直後は、家から出るエネルギーそのものがまだ戻っていない時期があります。バスや地下鉄に乗って施設まで行くこと自体が、いまは負担というお子さんもいます。この段階で通う場所を無理に決める必要はありません。
そういうときの選択肢として、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」があります。ネットの先生（担任）が一人ひとりに伴走し、自宅から自分のペースで学べます。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちを支えてきました。一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになる仕組みも整っています。
学習AIがヒントを出しながら一緒に考えてくれて、学習以外に使えないフィルタリング設定があるので、ゲームや動画が心配なご家庭でも使いやすいです。
文京区のフリースクール一覧（エリア別）
文京区内で公式サイトから運営・所在地・対象年齢・料金を確認できた施設を5か所、隣接区にあって文京区から通いやすい施設を3か所紹介します。順位をつけたものではありません。
料金は執筆時点の公式サイトの記載で、税込・税別の表記がそろっていないものがあります。公式に確認できなかった項目は「要お問い合わせ」としています。通う前には必ず各施設に直接ご確認ください。
千石: フリースペース
フリースペース
運営: 株式会社ショクパル
所在地: 文京区本駒込2-10-5 IMビル3階
対象年齢: 小学1年生〜中学3年生
料金: 小学生は週1日11,000円・週2日19,800円・週3日26,400円・週4日33,000円、中学生は週1日16,500円・週2日25,300円・週3日31,900円・週4日38,500円（いずれも月額・税込）。入会金は要お問い合わせ
都営三田線千石駅A1出口から徒歩30秒。「心の居場所」をつくることを第一に掲げているフリースクールで、火〜金曜の9時から13時に開いています。
学習は動画教材やプログラミング、紙のドリルを組み合わせて一人ひとりに合わせ、運動の時間も毎日あり、週1回は公園で活動します。在籍校との連携を支援していて、東京都の助成金の申請にも対応しています。
午後は同じ会社が運営する学童保育「アルク千石」に続けて通えるので、共働きで午後の居場所に困っている家庭には使いやすい仕組みです。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
白山: フリースクール ふくろうの部屋
フリースクール ふくろうの部屋
運営: 特定非営利活動法人Woods
所在地: 文京区白山2-19-9 2階 アトリエ1（Upcycle Salon白山倉庫内）
対象年齢: 小学1年生〜中学3年生
料金: 要お問い合わせ（週1コマから週12コマまでのコース制。無料体験あり）
都営バス小石川三丁目バス停から徒歩4分、白山駅・春日駅からは徒歩15分。古い倉庫を改装したシェアスペースの一角にあり、木と緑に囲まれた部屋で靴を脱いで過ごします。学習はスタッフと子どもが1対1か1対2で、国語・算数・数学・英語・作文を本人のペースで進めます。
大人数が苦手な子が通いやすいことを大切にしていて、1日通う場合は昼食もスタッフと一緒に取ります。開室は月・火・木・金曜の8時30分から17時15分で、1〜3時間目のうち通いやすい時間帯を選ぶ形です。在籍校への活動報告は無料で対応すると公式サイトに書かれています。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
千石（巣鴨駅前）: 阿部教育研究所
阿部教育研究所
運営: 阿部教育研究所（代表・阿部順子。法人格は公式サイトに記載なし）
所在地: 文京区千石4-29-8 阿部ハイム401
対象年齢: 就学前〜高校生（不登校の小中学生の利用を受け付けています）
料金: 初回カウンセリング10,000円。会員（週1回以上の定期利用）は入会金50,000円で1時間12,000円、スポット利用は入会金なしで子ども1時間13,000円・保護者1時間12,000円
JR・都営三田線の巣鴨駅から徒歩3分。2016年に開いた、完全個別のフリースクールです。受験や学習のメンタルコーチと心理カウンセラーを兼ねる代表が、子どもの学習とカウンセリング、受験や進学の支援、保護者の相談をまとめて担当します。
学習だけでなく絵画や工作、ボードゲーム、外出の付き添いにも柔軟に応じ、利用時間は9時から17時の間で相談して決めます。
月1回の不定期利用から週1回以上の定期利用まで幅があり、毎日通うフリースクールというより「週に1度、1対1でじっくり見てもらう場所」として使う家庭に向いています。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
>>高校生の不登校は約43人に1人｜高1・高2・高3で違う原因と、単位・留年・転校の考え方【2026年最新】
湯島: 飛鳥未来中等部・初等部 お茶の水教室
飛鳥未来中等部・初等部 お茶の水教室
運営: 学校法人三幸学園
所在地: 文京区湯島2-31-8 1階
対象年齢: 小学4年生〜中学3年生
料金: 入学金50,000円。月額はスタンダードコース（週5日）62,000円、3DAYコース48,000円、2DAYコース30,000円（施設設備費・教材費を含む）
丸ノ内線・大江戸線の本郷三丁目駅から徒歩5分、千代田線湯島駅から徒歩6分。通信制高校や専門学校を全国で運営する三幸学園が開いている小中学生向けのフリースクールで、定員は40人程度です。
週5日のスタンダードから週2日まで通う日数を選べて、先生やサポーターとの距離が近いことを打ち出しています。文京区のふれあい教室は、三幸学園の傘下の専門学校で職業体験をする連携をしていて、区の報告書にもその記録があります。
中学卒業後は同じ学園の通信制高校へ進む道もあり、高校の進路まで見通しておきたい家庭に向いています。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
本駒込: 文京よつば学院フリースクール
文京よつば学院フリースクール
運営: 合同会社とうきょう子育て研究舎
所在地: 文京区本駒込1-13-14 2階
対象年齢: 要お問い合わせ（東京都の助成対象施設一覧に小中学生が通う施設として掲載されています）
料金: 要お問い合わせ
南北線本駒込駅から徒歩5分、三田線白山駅・千石駅から徒歩7分。2018年に設立された会社が運営していて、代表は元東京都公立中学校教諭と、文京区で30年以上勤めた保育士です。
通信制高校のサポート校が母体で、不登校支援の実績と発達障害やグレーゾーンへの対応、各学年10人前後の少人数、保護者のカウンセリングを特色に掲げています。
公式サイトにはフリースクール部分の対象学年と料金の記載がなく、通信制高校のサポート校としての案内が中心なので、小中学生で通う場合は日数と料金を直接確認してください。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
文京区から通いやすい隣接区の施設
文京区は南北に細長く、区境の駅にある施設のほうが区内の施設より近いことがよくあります。所在区を明記したうえで3か所を補います。
高田馬場（新宿区）: 明光フリースクール 高田馬場校
明光フリースクール 高田馬場校
運営: 株式会社明光みらい
所在地: 新宿区高田馬場1-28-3 工新ビルディング4F
対象年齢: 不登校の小中学生
料金: 週1回20,000円から
明光義塾の個別指導の考え方がベースの、小中学生対象のフリースクール。一人ひとりに寄り添った運営が特徴です。プログラミングやeスポーツといった新しい学び、体験ができる子どもたちの居場所です。
JR山手線・西武新宿線・東西線の高田馬場駅から徒歩2分で、文京区の出席扱いの記事でも通える候補として案内している校舎です。コースは週1回・週3回・週5回から選べ、入会金は22,000円です。
明光フリースクールは開校からまもないため都の助成対象施設一覧にはまだ掲載されていませんが、東京都の助成金の対象になった実績があります。なお、この記事を掲載しているメディアは明光フリースクールが運営しています。
自社の施設なので詳しく書けている部分がありますが、順位づけの意図はありません。校舎の詳細や見学の申し込みは校舎ページをご覧ください。
王子（北区）: フリースクール東京シューレ王子
フリースクール東京シューレ王子
運営: 特定非営利活動法人東京シューレ
所在地: 北区岸町1-9-19
対象年齢: 小学1年生の年齢〜20歳（在籍は最長23歳まで）
料金: 入会金153,000円、月会費52,800円（税込。家庭の経済状況に応じた減額制度と奨学基金あり）
JR京浜東北線・南北線の王子駅から徒歩4分。文京区の本駒込・東大前・後楽園からは南北線で乗り換えなしです。
2000年からNPO法人として運営している、「安心していられる居場所・子ども中心の学びの場」を掲げるフリースクールで、王子シューレのプログラムは子どもたちがミーティングで相談して決めています。
音楽やダンス、料理、季節の行事など活動の幅が広く、6歳から23歳までの異年齢が一緒に過ごすので、大人が用意したプログラムをこなす場所ではなく、自分のやりたいことを見つける場所を求めている子に向いています。
毎週月曜の11時から12時に説明会とオープンデイがあります。費用は高めですが減額制度があるので、見学のときに相談してみてください。東京都の助成対象施設一覧に掲載されています。
水道橋（千代田区）: 高卒支援会 水道橋教室
高卒支援会 水道橋教室（フリースクール）
運営: 認定NPO法人高卒支援会
所在地: 千代田区神田三崎町2-2-15 Daiwa三崎町ビル503
対象年齢: 小中学生（中学生以下のフリースクールコース）
料金: 登録手数料132,000円／年と保険料7,040円／年が別途。月額は週1回20,000円・週2〜3回27,000円・週4回33,000円・週5回40,700円
JR・都営三田線の水道橋駅からすぐで、駅の北側は文京区後楽です。不登校や引きこもりの支援を長く続けてきた認定NPO法人が運営していて、平日の9時30分から17時まで開いています。
週4回・週5回のコースは水道橋教室で受けられ、週1〜3回は複数の教室から選べます。
中学卒業後に通信制高校のサポートへ続けられる体制があり、家庭訪問の支援も行っている団体なので、まだ通えない段階から関わってもらいたい家庭にも選択肢になります。兄弟姉妹が在籍している場合の割引もあります。
掲載していない施設について
文京区内で名前が挙がる施設のうち、この記事に載せなかったものもあります。小石川の「つみきの杜」は中学生向けのフリースクールとして紹介されることがありますが、執筆時点で公式サイトにつながらず、運営・料金を確認できませんでした。
白山の「アウトドアスクールNEKKO Jr.」は自然体験を軸にしたフリースクールと案内されていますが、対象年齢・活動日・料金が公式ページで確認できませんでした。
飯田橋の「飯田橋ホームスクール・サポートセンター」は私立の小中高校に在籍する子ども専門のフリースクールで、対象が限られるため近隣枠には入れていません。
このほか、区内にあると紹介されることのある施設で、公式サイトで運営・所在地・料金まで確認できなかったものは載せていません。
この記事は文京区周辺の施設をすべて網羅したものではありません。新設や移転、料金の改定で情報が変わることがあるので、通う前には必ず公式サイトと直接の問い合わせで最新情報を確認してください。
隣の区には、区独自の上乗せ助成がある北区、明光フリースクール高田馬場校のほかにも複数の施設がある新宿区と、それぞれ区ごとの一覧記事があります。文京区から通える範囲を広げたいときは、こちらから見てみてください。
>>北区のフリースクールと補助金一覧。通える場所を地域で探せます【2026年最新】
>>新宿区のフリースクールと補助金一覧。通える場所を地域で探せます【2026年最新】
文京区を含む東京都全体の一覧はこちらの記事にまとめています。
>>東京都のフリースクールと補助金一覧。市区町村別に紹介します【2026年最新】
掲載のない地域にお住まいの場合も、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」なら地域を問わず自宅から利用できます。
ネットの先生（担任）が伴走し、一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになった実績も多数あります。
2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
まとめ。合うかどうかで選んでいい
フリースクールは、優劣ではなく「その子に合うかどうか」で選ぶものです。文京区には、午前だけ通えて学童に続けられる千石の教室、1対1で木に囲まれて過ごす白山の部屋、1時間単位で相談しながら使う巣鴨駅前の研究所、週5日で通える湯島の教室、通信制高校を見据えた本駒込の学院と、性格の違う5か所があります。
そこに区境の高田馬場・王子・水道橋の3か所を加えると、通う頻度も料金の幅もかなり広がります。
都の補助金として最大で月2万円まで支給される助成はありますが、区の上乗せはないので、区が運営するふれあい教室と校内別室という公的な選択肢を知ったうえで、費用と相性で選ぶことが大事になります。
見学してから決めていいし、ふれあい教室と民間のフリースクールを並行して検討してもかまいません。
今日できる一歩として、この記事の一覧から、お子さんの最寄り駅から乗り換えなしで行ける施設を2つに絞ってみてください。文京区は三田線・南北線・丸ノ内線のどれに近いかで行きやすい施設がはっきり分かれるので、地図で見るより「同じ線か」で絞るほうが早いです。
それだけで見学の問い合わせ文が書けます。文面は「不登校の中1の親です。見学はできますか。在籍校への出席の報告はどんな形でしてもらえますか」の3文で十分です。
都の助成を使う予定なら、「東京都の利用者支援事業の対象施設ですか」と一言足すと、あとの申請で迷いません。
「うちの場合はどう進めればいい？」という段階でも大丈夫です。まずは話を聞いてみるだけでも、気持ちが少し軽くなるはずです。
よくある質問
文京区にフリースクールはいくつありますか？
東京都のフリースクール等利用者支援事業の2025年度（令和7年度）対象施設一覧（2026年3月末時点）に載っている文京区の施設は5件です。ただし一覧は保護者の申請に基づいて掲載されるものなので、載っていない施設もあります。
この記事では、公式サイトで運営・所在地・対象年齢・料金まで確認できた区内の5か所（千石2か所・白山・湯島・本駒込）と、高田馬場・王子・水道橋にある隣接区の3か所を紹介しています。
このほかに区が運営する「ふれあい教室」（湯島の文京区教育センター内）と、区立25校の校内別室があります。
文京区でフリースクールの利用料の補助金はありますか？
あります。東京都のフリースクール等利用者支援事業で、都内在住の不登校の小中学生の保護者に、利用料に対して補助金として最大で月2万円まで支給されます。
入会金や施設維持費は対象外で、2026年度の申請は2026年5月27日から2027年2月12日までです。港区や北区のような区独自の上乗せ助成は、2026年9月時点で文京区にはありません。制度は年度で変わるので、最新の情報は東京都の公式ページで確認してください。
文京区のふれあい教室は誰が使えますか？
文京区立の小中学校に在籍しているか区内に在住していて、原則として長期に欠席している小学3年生から中学3年生が対象です。場所は湯島4-7-10の文京区教育センター内で、月〜金曜の8時45分から16時まで開いています。
在籍校に籍を置いたまま通えて、ふれあい教室への出席は在籍校の出席と同じ扱いにすることができます。見学から相談、体験通室を経て手続きをする流れで、申し込みは在籍校かふれあい教室（03-3816-5347）に連絡します。費用は公式ページに記載がありません。
出典
- 東京都「令和6年度都内公立学校児童生徒の問題行動・不登校等の実態」（2025年10月30日） ページ 本文へ戻る
- 東京都生活文化局「東京都フリースクール等利用者支援事業」 ページ 本文へ戻る
- 東京都「TOKYO多様な学びの場・居場所ナビ 文京区」 ページ 本文へ戻る
- 東京都「令和7年度 東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）児童生徒通所施設一覧」（令和8年3月末時点） PDF 本文へ戻る
- 文京区教育センター「令和6年度 文京区不登校対応に関する報告書」（2025年12月） PDF 本文へ戻る
- 文京区「ふれあい教室（教育支援センター）のご案内」 ページ 本文へ戻る
- 文京区「不登校や登校しぶりに対する支援等」 ページ 本文へ戻る
- 文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」 ページ 本文へ戻る
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