長崎県でフリースクールを探している方へ。お子さんが学校に行かない日が続くと、「この子が安心して過ごせる場所は近くにあるんだろうか」と、検索を繰り返してしまいますよね。長崎県は市や町によってフリースクールの数に差が大きく、情報も一か所にまとまっていないため、探すだけでひと苦労だと思います。
この記事では、長崎県のフリースクールを市区町村ごとに1か所ずつ、順位づけなしで紹介します。あわせて、利用料の補助金・助成制度が長崎県にあるのかどうか、出席扱いの仕組み、無料で使える公的な居場所についても、公式の情報をもとにまとめました。
自己紹介が遅れました。小幡和輝と申します。僕は不登校の元当事者です。約10年間学校に行かず、フリースクールで学びました。現在は不登校の専門家として、本の執筆や講演をしながら、2000人以上の子どもたちとご家庭をサポートしています。
長崎県のフリースクールの状況
文部科学省の令和6年度調査によると、長崎県の小中学生の不登校は1,000人当たり38.1人で、全国平均の38.6人とほぼ同じ水準です。学校に行かない子は、長崎県でも決して珍しくありません。
出典: 文部科学省「児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査」
児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査の公式ページ
一方で、フリースクールの利用料に対する保護者向けの補助金・助成制度は、長崎県にも県内の市町にも、公式に確認できるものがありませんでした（2026年9月時点）。他県では月1万〜2万円の利用料補助を始める自治体が増えているので、今後の動きに注目したいところです。最新情報は県や市町の公式ページでご確認ください。
そのぶん長崎県では、無料で使える公的な支援先を知っておく価値が大きいです。各市町の教育支援センター（適応指導教室）は基本的に無料で利用でき、長崎県ひきこもり地域支援センターが相談先をまとめた「不登校ひきこもり社会資源ガイドブック」を公開しています。また、県こども未来課のポータルサイト「ながさきこども場所」では、フリースクールを含む子どもの居場所を市町別に探せます。
自治体独自の取り組みも動き始めています。大村市は、校長が出席扱いにできる学校外の民間施設を市の公式ページで公表しており、長崎市では2026年4月に不登校の生徒のための「学びの多様化学校」として桜馬場中学校分教室「のぞみ教室」が開室しました。仮想空間で交流や学習ができるメタバース登校も始まっています。
フリースクールの費用相場や補助金の全国的な動きは、こちらの記事で詳しく解説しています。
>>【小中学生向け】フリースクールの費用相場はいくら？補助金や後悔しない選び方まで解説
フリースクールでの学びが出席扱いになる仕組み
フリースクールでの学びは、一定の要件を満たせば在籍校の指導要録上「出席扱い」になります。文部科学省が通知で示している全国共通の仕組みで、在籍校の校長が判断します。
出典: 文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」
不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）の公式ページ
実際に長崎県内でも、大村市が出席扱いにできる民間施設を公式に示すなど、運用が広がっています。もし学校に相談して断られてしまった場合の進め方は、こちらの記事にまとめています。
>>出席扱いを学校に断られたときはどうする？校長判断を動かす3つの材料
まだ外に出るのが難しい、近くに通える場所がないという方へ
このあと紹介するとおり、長崎県で公式に確認できたフリースクールは6つの市に限られます。島原半島の一部や県北、離島など、通える範囲にフリースクールがない地域は実際にあります。それはご家庭の努力不足ではありません。
また、通える場所があっても、家から出るエネルギーがまだ戻っていない時期もあります。長崎県は坂の多い街や船でしか行けない島も多く、「毎週通う」こと自体がハードルになる場合もありますよね。
そういうときの選択肢として、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」があります。ネットの先生（担任）が伴走してくれて、自宅から自分のペースで学べます。2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちを支えてきました。一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになる仕組みも整っています。学習では、AIがヒントを出しながら一緒に考えてくれて、学習以外に使えないフィルタリング設定があるので、ゲームばかりにならないか心配な方も安心です。
詳しくはこちら: クラスジャパン小中学園
長崎県のフリースクール（市区町村別）
市区町村ごとに1か所ずつ紹介します。順位をつけたものではありません。いずれも公式サイトや県・市の公的資料で実在を確認した施設です。料金や対象は変わることがあるので、必ず最新情報をご確認ください。
長崎市
フリースクール クレイン・ハーバー
運営: NPO法人フリースクール クレイン・ハーバー
所在地: 長崎市昭和3丁目387-1
対象年齢: 小学1年生〜19歳
料金: 月会費35,000円（入会金10,000円）
2003年設立、20年以上続く長崎市の老舗フリースクールです。みんなで活動しながらゆっくり自分の道を探す居場所で、通所が難しい子への訪問支援や無料学習塾、学生服バンクなど事業の幅が広いのも特徴。3日間の無料体験から始められます。
佐世保市
フリースペースふきのとう
運営: 特定非営利活動法人フリースペースふきのとう
所在地: 佐世保市（MR中佐世保駅から徒歩5分、戸尾市場の近く。詳細は要お問い合わせ）
対象年齢: 要お問い合わせ
料金: 要お問い合わせ
不登校の子どもの居場所「ぽこ・あ・ぽこ」を開いているNPO法人です。任意団体時代から20年以上の活動実績があり、不登校の子を持つ親の会や講演会、子ども自身が体験を語る「子どもサミット」なども開催。長崎県のガイドブックにも掲載されています。
諫早市
フリースクール クローバー
運営: 要お問い合わせ
所在地: 諫早市栄田町556-1（2025年10月に移転）
対象年齢: 要お問い合わせ
料金: 要お問い合わせ
交流活動・体験学習・学習支援の3つを柱に、農業や料理、手芸、工作などの体験を大切にしているフリースクールです。開所は10時〜16時。自分の思いを話し、友達の話を聞く時間を重ねながら、少しずつ外とのつながりを取り戻していけます。
大村市
フリースクール スクート
運営: NPO法人schoot
所在地: 大村市宮小路2丁目538-1（まなび舎内）
対象年齢: 要お問い合わせ
料金: 要お問い合わせ
大村市で最初に「出席扱い」が可能になった民間施設で、市の公式ページにも掲載されています。開所は火〜金曜の10時30分〜15時。不登校のお子さんを持つ保護者の相談対応や「親の会」「勉強会」も定期的に開かれています。見学は入所を決めていなくても受け付けています。
南島原市
ピカピカがっこう
運営: 要お問い合わせ
所在地: 南島原市西有家町長野1776
対象年齢: 小学生〜高校生（未就学児は要相談）
料金: 月額27,280円（週2日）〜43,780円（週5日）、入学金30,000円、保険料年間800円
「安心して個性を思いきり発揮する」ことを掲げるフリースクールです。平日9時30分〜16時に開いており、活動は子どもの意欲から生まれるという方針で、自己決定を大切にしています。初回体験（2,500円）から始められます。
五島市
まなび舎いゆ
運営: 要お問い合わせ
所在地: 五島市武家屋敷2-3-3
対象年齢: 小中学校の不登校児童生徒
料金: 1日2,000円・半日1,500円（月の上限25,000円、きょうだい割引あり。初回体験は無料）
元小学校教員2名が運営する、2024年5月開業のフリースクールです。開所は火〜金曜の9時〜14時、1日の定員は12名。個別学習に加えて、青空教室や稲作などの農的活動、島の大人との交流活動など、五島の自然を生かした学びが特徴です。長崎県五島保健所の相談機関一覧に掲載されています。
掲載元（五島保健所の一覧）: 五島市の公式ページ
掲載していない市区町村について
島原市・雲仙市・平戸市・松浦市・西海市・壱岐市・対馬市・新上五島町などは、公式サイトや公的資料で内容まで確認できる通所型のフリースクールが今回見つかりませんでした。掲載がないことは「何もない」という意味ではありません。新設や移転で情報は変わりますし、2026年9月には長崎県フリースクール連絡協議会に参加する県内のフリースクールが合同で無料開放を行うなど、民間の動きも活発になっています。通う前には必ず公式サイトと直接の問い合わせでご確認ください。
また、どの市町にも公的な選択肢として教育支援センター（適応指導教室）があります。無料で利用でき、在籍校とも連携しやすいので、まずはお住まいの市町の教育委員会に相談してみてください。
フリースクールが近くにない地域での学びの確保については、こちらの記事でも詳しく解説しています。
>>フリースクールが近くにない地域での選択肢。通わずに学びと出席扱いを確保する方法
掲載のない地域にお住まいの場合も、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」なら地域を問わず自宅から利用できます。ネットの先生（担任）が伴走し、一定の要件を満たせば在籍校の出席扱いになった実績も多数あります。2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
クラスジャパン小中学園
他の都道府県をお探しの方へ
全国47都道府県のフリースクールと補助金の一覧は、こちらのまとめからご覧いただけます。
>>【全国版】47都道府県のフリースクールと補助金一覧。お住まいの県から探せます【2026年最新】
まとめ。合うかどうかで選んで大丈夫です
フリースクールは、優劣ではなく「その子に合うかどうか」で選ぶ場所です。体験や見学をしてから決めていいですし、複数の場所を並行して検討してもかまいません。今回紹介した施設の多くは体験や見学を受け付けているので、比べたうえで、お子さんが「ここなら行ってもいいかな」と思える場所を選んでください。
今日できる一歩をひとつ提案します。気になった施設に「見学だけでもいいですか」とメールか電話で聞いてみてください。多くの施設が入会前提でない相談を受け付けていますし、お子さんを連れて行くのは、保護者の方が下見をしてからで大丈夫です。
「うちの場合はどう進めればいい？」という段階でも大丈夫です。まずは話を聞いてみるだけでも、気持ちが少し軽くなるはずです。
よくある質問
長崎県にフリースクールはいくつありますか？
公式サイトや県・市の公的資料で確認できた通所型のフリースクールは、長崎市・佐世保市・諫早市・大村市・南島原市・五島市の6市で各1か所以上です。県全体を網羅した公式の一覧はまだなく、県こども未来課の「ながさきこども場所」や県のガイドブックが探す手がかりになります。地域によってはオンラインフリースクールの併用も選択肢です。
長崎県でフリースクールの利用料の助成はありますか？
2026年9月時点で、長崎県にも県内の市町にも、保護者向けのフリースクール利用料助成は公式に確認できませんでした。一方、各市町の教育支援センター（適応指導教室）は無料で利用できます。他県では利用料補助を新設する自治体が増えているので、お住まいの市町の最新情報を教育委員会にご確認ください。
フリースクールに通うと学校の出席扱いになりますか？
一定の要件を満たせば、在籍校の校長の判断で指導要録上の出席扱いになります。文部科学省の通知に基づく全国共通の仕組みで、長崎県内でも大村市が出席扱いにできる民間施設を公式に公表しています。通いたい施設が決まったら、早めに在籍校と教育委員会に相談するのがスムーズです。
\ Ｘ更新中！ /
\ 明光みらい公式note /
\ Instagram /
