不登校になると、フリースクールの利用料や教材費など、学校に通っていたときには無かったお金がかかり始めます。「この出費がいつまで続くんだろう」と家計の不安を感じている方も多いはずです。結論からお伝えすると、不登校の家庭が使える支援制度・お金の仕組みは、就学援助、フリースクールの補助金、交通費の補助、税金の控除、親の働き方を守る休業制度まで、思っているよりたくさんあります。この記事では、それらを一覧できる1枚の地図として整理し、どこに何を聞けばいいかまでまとめました。
自己紹介が遅れました。小幡和輝と申します。学校に行かなかった期間が、僕にはおよそ10年あります。その間はフリースクールで学びました。いまは不登校の専門家として本を書いたり、対面やオンラインのフリースクールを運営しながら、2000人以上の子どもたちに関わっています。運営者として、補助金や出席扱いの申請の相談を日々受けている立場から書きます。
不登校の家庭が使える支援制度・お金の全体地図
制度の名前を個別に覚えるより、まず「4つの引き出し」で整理すると迷いません。
- 学校関係の費用を軽くする 就学援助で学用品費や給食費の負担を減らす。食べていない給食費の扱いを学校に相談する
- 学びの場の費用を補助してもらう フリースクールの利用料補助金や、通うための交通費の補助を自治体に申請する
- 払ったお金を税金で取り戻す 医療費控除など、確定申告で戻る可能性のあるお金を確認する
- 親の収入と働き方を守る 介護休業・介護休暇などの制度で、仕事を辞めずに子どもに向き合う時間をつくる
ここから順番に見ていきます。すべてに共通する注意点として、金額や要件は自治体・年度によって変わるため、最終確認は必ず公式の窓口で行ってください。
学校関係のお金。就学援助と給食費
就学援助は、小中学生のいる家庭の学用品費・給食費・修学旅行費などを市区町村が援助する制度です。文部科学省の制度ページに全体像がまとまっています。
https://www.mext.go.jp/a_menu/shotou/career/05010502/017.htm
大事なのは、不登校であることは就学援助を受けられない理由にはならない、という点です。「学校に行っていないのに申請していいのか」とためらう必要はありません。申請の考え方や打ち切りの心配については、こちらの記事で詳しく解説しています。
https://freeschool.meikogijuku.jp/media/futoko-shugaku-enjo/
また、長く学校を休んでいて給食を食べていない場合、給食費の停止を学校に相談できることがあります。扱いは学校・自治体ごとに異なるので、「食べていない期間の給食費はどうなりますか」とまず在籍校に聞いてみてください。
フリースクールの利用料補助金と交通費
フリースクールの利用料は月3〜5万円程度が相場で、家計への影響がいちばん大きい費目です。ここに補助金を出す自治体が近年増えています。たとえば東京都には、フリースクール等を利用する家庭に月額最大2万円を助成する制度があります（都内在住の方が対象です）。
https://tokyo-fs-support.metro.tokyo.lg.jp/
東京都以外にも、県や市区町村が独自の補助制度を持っている地域は全国に広がっています。お住まいの都道府県の制度は、こちらの全国一覧から確認できます。
https://freeschool.meikogijuku.jp/media/freeschool-zenkoku/
見落としがちなのが交通費です。フリースクールへの通学定期や交通費の補助が使える場合があり、窓口で断られたときの対処法まで含めてこちらの記事にまとめています。
https://freeschool.meikogijuku.jp/media/freeschool-kotsuhi/
僕たちが運営する明光フリースクールも、自治体の補助金の対象になっている実績が多数あります。運営者として実感するのは、補助金は「知っていて申請した家庭だけが受け取れる」お金だということです。制度があっても、向こうから教えに来てはくれません。
払ったお金を取り戻す。医療費控除という可能性
あまり知られていませんが、医師の診療を受けている子どもがその指示に沿ってフリースクールなどに通う場合、費用が医療費控除の対象になる可能性があります。医療費控除の基本的な仕組みは国税庁のページで確認できます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm
対象になるかどうかは個別の事情によるので、断定はできません。通院しているお子さんの場合は、領収書を捨てずに保管しておき、税務署か税理士に「不登校の子のフリースクール費用は医療費控除の対象になりますか」と確認してみてください。聞くのは無料です。
親の収入を守る。介護休業・介護休暇
お金の話で意外と抜け落ちるのが、支出ではなく収入の側です。子どもの不登校をきっかけに仕事を辞めてしまうと、家計へのダメージは補助金では埋められません。実は、育児・介護休業法にもとづく介護休業・介護休暇は、要件を満たせば子どものケアのために使える場合があります。制度の概要は厚生労働省のページにあります。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/koyoukintou/ryouritsu/
2025年に対象の基準が見直された経緯や、会社への具体的な伝え方は、こちらの記事で解説しています。
https://freeschool.meikogijuku.jp/media/futoko-kaigo-kyugyo/
制度は「出席扱い」とセットで動かす
お金の制度を調べ始めると、多くの場面で在籍校や教育委員会とのやりとりが発生します。だからこそ、フリースクールや自宅学習を学校の出席扱いにする手続きと、補助金の申請は同じタイミングでまとめて動くのが効率的です。出席扱いの根拠は文部科学省の通知にあります。
https://www.mext.go.jp/a_menu/shotou/seitoshidou/1422155.htm
僕自身、フリースクールでの活動が学校の通知簿に反映されているのを見て、初めて自分のやっていることが「サボり」ではないと思えました。出席扱いや補助金は、お金や日数の問題であると同時に、「この過ごし方は社会に認められている」と子ども本人と親が思えるようになる仕組みでもあります。制度を使うことに引け目を感じる必要はまったくありません。
今日できる一歩を1つだけ挙げるなら、お住まいの市区町村名と「フリースクール 補助金」で検索して、出てきた担当課に「不登校の子の家庭が使える補助制度を教えてください」と電話してみてください。就学援助もフリースクール補助も、この一本の電話が入口になります。
明光フリースクールという選択肢
平日の日中に通える場所として、僕たちは明光フリースクールを運営しています。明光義塾の個別指導の考え方がベースになっていて、一人ひとりに寄り添った運営をしています。プログラミングやeスポーツの時間もあり、「学校ではないけれど通う場所」として機能しています。
お金の面で制度を調べているご家庭にとって大きいのは、学校の出席扱いや自治体の補助金の対象になる実績も多数あります、という点です。「この施設は補助金の対象になりますか」「出席扱いの申請はどう進めましたか」という相談に、実例をもとにお答えできます。制度の申請は施設側の書類協力が必要になることが多いので、そこに慣れている場所を選ぶと手続きがぐっと楽になります。
新規の校舎もどんどん展開していますので、お近くの教室についてはまずはお問い合わせください。
明光フリースクールの詳細はこちら
https://freeschool.meikogijuku.jp/
まだ外に出るエネルギーがないお子さんには、オンラインフリースクール「クラスジャパン小中学園」があります。ネットの先生（担任）が伴走し、自宅から自分のペースで学べます。2018年の開校から、これまでに2000人以上の不登校の子どもたちをサポートしてきました。
学習面では、生徒一人ひとりにカスタマイズされた最先端のAIサポートがあります。答えをすぐ教えるのではなく、ヒントを出しながら一緒に考えるAIなので、わからない場面でつまずかずに答えまで辿り着けます。学習以外の用途には使えないフィルタリング設定付きで安心です。
クラスジャパン小中学園の詳細はこちら
https://www.cjgakuen.com/
まとめ
不登校の家庭が使える支援制度・お金は、就学援助、フリースクールの補助金、交通費の補助、医療費控除、介護休業と、4つの引き出しに分けて整理すると動きやすくなります。どれも申請しなければ受け取れないお金です。まずは市区町村の窓口への電話一本から始めてみてください。
制度の調べ方や学校とのやりとりで迷ったら、LINEで無料相談を受け付けています。「うちの場合はどう進めればいい？」という段階でも大丈夫です。まずは話を聞いてみるだけでも、気持ちが少し軽くなるはずです。
無料LINE相談はこちら
https://www.obatakazuki.com/lp
よくある質問
不登校でも就学援助は受けられますか？
受けられます。就学援助は経済的な要件で判断される制度で、不登校であることは対象外の理由になりません。学校に行っていない期間があっても、在籍校か市区町村の教育委員会を通じて申請できます。
フリースクールの補助金は全国どこでもありますか？
自治体によって異なります。東京都のように月額最大2万円を助成する地域もあれば、制度がない地域もあります。お住まいの市区町村名と「フリースクール 補助金」で検索し、担当課に直接確認するのが確実です。
補助金や出席扱いの申請は誰に相談すればいいですか？
入口は在籍校の担任か教育委員会です。あわせて、利用するフリースクール側にも「補助金や出席扱いの申請に協力してもらえますか」と聞いてください。実績のある施設なら、必要な書類や進め方を具体的に案内してもらえます。
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